Mihai Viteazul, în misiunea sa de a elibera poporul român din Transilvania, a acordat o importanță deosebită Bisericii Ortodoxe. Recunoscând că era singura instituție de bază a românilor din acea perioadă, el s-a străduit din răsputeri să fortifice această structură religioasă vitală din Ardeal.

După eliberarea Transilvaniei în 1599, Mihai Viteazul l-a transferat pe Ioan de Prislop la noua ctitorie din Alba Iulia, conferindu-i titlul de „Arhiepiscop și Mitropolit al Bălgradului, Vadului, Silvașului, Făgărașului, Maramureșului și al episcopilor din Țara Ungurească.” Această mișcare strategică a restabilit autoritatea românească în vechea cetate a Albei Iulia, un loc în care, de-a lungul a sute de ani, nu au existat episcopi români. Nicolae Iorga subliniază în scrierile sale că, „fără a se goni Napragy, ajuns episcop unguresc fără credincioși, el ajunse centrul religios al Românilor sub Mihai-Vodă.”

Legenda zidirii Bisericii Mitropolitane de la Alba Iulia se bazează pe un miracol, un eveniment consemnat în Letopisețul Domniei lui Mihai Viteazul. Deși cronica păstrată se oprește la anul 1597, se știe că Petru Movilă, fiul unui domnitor român, a citit și partea pierdută, care relatează întemeierea Mitropoliei din Alba Iulia.

În 1627, viitorul Mitropolit al Kievului a transmis posterității detalii despre această întemeiere. Manuscrisul, păstrat la Lavra Pecersca din Kiev și tradus de I. Bogdan, a fost publicat ulterior de Nicolae Iorga în lucrarea „Ștefan cel Mare, Mihai Viteazu și Mitropolia Ardealului.”

Astfel, prin eforturile și viziunea lui Mihai Viteazul, Biserica Ortodoxă Română a câștigat un punct de referință semnificativ în Transilvania, întărindu-și rolul crucial în viața spirituală și națională a românilor din acea regiune.